本系前身可溯至1899年秋京师大学堂设立的史学堂,是近代中国最早建立的史学教育科系。1900年夏京师大学堂遭八国联军毁坏。1902年末，中国政府在恢复京师大学堂的章程中，规划设立史学目，1903年改设中国史学门和万国史学门。次年夏，京师大学堂开始进行预备科和师范馆的史学教育。1910年3月，京师大学堂分科大学（相当于四年制本科）的中国史学门开始招生。

辛亥革命后，京师大学堂1912年5月改为国立北京大学。新文化运动中，北京大学的史学教育多方吸取近代世界新的科学理论、方法和知识，力求使学生获得广博的基础知识，打下厚实的学术功底，练就精深的专业能力。五四运动后，1919年8月，校评议会依新制将中国史学门改称史学系。

1937年7月，北京大学史学系的建设被日本全面侵华战争所打断。部分师生随校内迁，与清华大学、南开大学的相关科系合组为国立西南联合大学的历史社会学系。抗战胜利后，北大史学系1946年随校北上复原。

1949年初，北平和平解放，北京大学进入新的发展时期。1952年全国高等学校进行院系调整时，由于清华大学历史系和燕京大学历史系一部分骨干教师的汇入，北京大学历史学系的师资阵容进一步壮大，在国内外的学术地位益发突出。随着形势的发展，考古专业1983年从本系分出，独立成系。

在中国近百年的历史进程中，本系培育了一代又一代具有历史目光和渊博知识的人才，在各条战线都发挥了积极作用。从本系毕业的学生中，成长出一批批著名学者、革命者、爱国志士和社会贤达。在本系的教师行列里，涌现过李大钊、朱希祖、马叙伦、马衡、陈寅恪、陈翰笙、傅斯年、李济、董作宾、孟森、钱穆、陈垣、陈受颐、顾颉刚、冯家升、张星烺、刘崇鋐、毛子水、姚从吾、郑天挺、翦伯赞、张政烺、向达、邓广铭、周一良、齐思和、杨人楩、邵循正、苏秉琦等杰出的史学家。实事求是的优良学风，严谨扎实的治学态度，承前启后，代代相传。

本系史学教育的人才培养目标，在总体上尽量兼顾史学教育的学术性和社会性，分层次地培养高质量的史学人才。一是突出学术功能，建立从本科生到硕士、博士生的系统培养模式，在各阶段都打好厚实的通史基础，以利于进一步的专业学习，适应现代社会对学术精英的高层次需要。二是加强本科学生的能力训练，包括资料搜集、整理、考订、综合、分析能力，语言、表述、写作能力，计算机等辅助工具应用能力, 研究、思维能力等等，并给他们提供一些跨学科的必要知识，满足社会各界各部门对于具有一定史学功底的应用人才的广泛需求。三是充分发挥史学的“教化”功能, 从事历史知识的普及教育, 使史学教育面向非史学专业的高等院校学生乃至全体国民, 承担提高民族素质和公民文化教养、建设社会主义精神文明的重要任务。