生物工程学院前身为河北轻工业学院发酵工程专业，建于1958年。1960年全国院校整合时，北京轻工业学院发酵工程专业迁入我院，成为我国高校中实力最强的两个发酵工程专业之一。1996年改名为生物化工专业，1999年根据国家教育部颁布的高等学校本科专业目录又更名为生物工程专业。随着生物技术的飞速发展、研究领域的拓宽及国内生物与医药产业的发展需求，2000年新增制药工程专业。2004年，生物工程专业和制药工程专业组建成生物工程学院。学院加快推进高等教育国际化进程，2013年与英国Heriot-Watt大学合作建立中英合作办学项目-生物工程（酿造与蒸馏）专业，2017年面向国际留学生开设Biological Engineering专业。学院的两个本科专业2017年均入选天津市双一流专业，其中生物工程专业为国家特色专业、天津市品牌专业、天津市优势特色专业，制药工程专业为天津市战略性新兴产业相关专业、天津市应用型专业。

学院现有教职工116人。其中专任教师96人，具有高级职称的教师60人，占专任教师的62.50%，具有博士学位的教师占专任教师比例达到了99%。有国家教学名师1人、国家“万人计划”入选者2名、国务院政府特贴专家3人、外籍院士3人。此外，建设有国家级教学团队1支、天津市教学团队2支。在校研究生800余人，中外本科生1000余人。

学院拥有轻工技术与工程一级学科博士点和博士后流动站，下设发酵工程、制糖工程、发酵食品与健康3个二级学科博士点，拥有生物工程、药学2个一级学科硕士点，包括发酵工程、制糖工程、生物化工、微生物与生化药学（医）、微生物与生化药学（理）、药物化学（医）和药物化学（理）、药理学、药物分析学等9个学术型全日制学术型硕士点，轻工技术与工程（发酵工程）、生物工程、制药工程等3个全日制工程硕士专业学位授权点及在职工程硕士学位授权点。其中“发酵工程”学科为国家重点学科，轻工技术与工程学科为天津市一流学科、药学学科为天津市重点学科。目前，学院已与南开大学、天津大学、天津金耀集团等共建了“工业生物技术”天津市特色学科群。强劲的学科优势为专业建设和教学水平的提高奠定了坚实的基础。

学院拥有“省部共建食品营养与安全国家重点实验室”、“生物工程国家级实验教学示范中心”、“代谢控制发酵技术国家地方联合工程实验室”、“食品营养与安全和药物化学国际科技合作基地”、“工业酶国家工程实验室”、“工业发酵微生物教育部重点实验室”、“天津市微生物发酵与代谢控制工程技术中心”、“天津市工业微生物重点实验室”、 “天津市氨基酸高效绿色制造工程实验室”、“天津市普通高等学校生物工程实验教学示范中心”、国家劳动社会保障部“酿酒行业职业技能鉴定站”和“氨基酸行业职业技能鉴定站”、“天津市发酵行业工程技术中心”以及和食品学院联合支撑建设的教育部“食品生物技术工程研究中心”等体系完善的国家和省部级教学与科研平台。目前为教育部高等学校生物工程与生物技术专业教学指导委员会委员、中国生物发酵产业协会副理事长、中国食品学会副理事长等单位。

学院依托轻工发酵的传统优势，以“发酵工程”国家重点学科发展，国家及滨海新区发展需求为导向，设立了六个科学研究方向：生物反应工程、现代酿造技术、酶与生物催化工程、代谢工程、生物制药以及药物化学。近五年，学院承担和完成了国家、省部级和横向科研项目340余项，多项成果达到国际领先、国际先进水平，荣获国家、省部级科技奖励30余项。五年来共发表学术论文1200余篇，其SCI学术论文500余篇，授权国家发明专利200余项。

学院高度重视教育教学研究与教学改革。学院拥有3个教学一级实验室，下设9个二级实验室。其中“生物工程基础实验中心”为天津市优秀实验室，“生物工程实验教学中心”为国家级实验教学示范中心。学院拥有国家级教学名师1人，建设有国家级教学团队1支、天津市教学团队2支；近年来出版教材30余部，完成本科教学质量工程或教学改革项目国家级5项、天津市级8项。其中，“生物工程与生物技术专业创新人才培养模式的探索与实践”等2个项目荣获国家级教学成果奖、“面向新工科建设的生物制药创新人才培养体系构建与实践”等6个项目荣获天津市教学成果奖，4部教材荣获中国轻工业优秀教材一等奖。学院坚持以本科教学为中心，采用现代教育技术手段，加强教育质量管理，拓宽工程专业口径，积极发展产学研合作教育，培养了大批知识、能力、素质协调发展的优秀人才。几十年来，学院培养的一大批毕业生已成为行业领军人物、企事业单位领导及相关领域知名专家，在生物工程、制药工程等行业发挥重要作用，获得社会普遍赞誉。

长期以来，学院按照学校“国际化”发展的目标，先后与日本、英国、法国、美国、德国、捷克等国进行了多项合作人才培养、科研和学术交流。目前已与英国Heriot-Watt大学合作建立了中英合作办学项目-生物工程（酿造与蒸馏）专业，此外还面向国际留学生开设了Biological Engineering专业。这些项目及专业也为全体师生提供了国际化交流的良好平台，大大提升了师生们的国际视野。