吉林大学在东北亚研究方面具有较长的历史。1964年，经国务院批准，吉林大学成立了日本问题研究室和朝鲜问题研究室。20世纪70年代以来，吉林大学先后成立了日本研究所、朝鲜研究所（后更名为：朝鲜韩国研究所）、苏联研究所（后更名为：俄罗斯研究所）、人口研究所、区域经济研究所、图们江地区开发研究所，对东北亚地区的日本、朝鲜、韩国、俄罗斯、蒙古开展研究。

东北亚研究院致力于推动各种形式的国际交流与合作，目前已与美国、日本、朝鲜、韩国、俄罗斯、蒙古等国家的大学和研究机构签订了交流协议，通过互派学者和留学生、开展共同研究、交换资料，共同组织召开国际学术会议等形式，促进东北亚问题的研究。

经过多年的发展，围绕东北亚地区重大理论问题和现实问题，充分发挥对东北亚区域经济、政治、历史与社会发展领域多学科综合研究的优势，服务于国家重大战略需求和社会经济发展需求，东北亚研究院逐步成长为以国际问题研究为主、多学科交叉、在国内外有较大影响力的专职研究机构。

东北亚研究院现有教职工83人，专职科研人员61人，其中教授32人(含博士生导师27人)，副教授21人，讲师8人；有“哲学社会科学资深教授”1 人，国务院学位委员会学科评议组成员1人，教育部社会科学委员会委员1人，教育部跨世纪人才1人，吉林省省管专家4人，吉林省拔尖创新人才3人，吉林省有突出贡献的中青年专业技术人才2人，吉林大学“匡亚明特聘教授”2人，吉林大学“匡亚明讲痤教授”3人。目前已经形成了结构合理、实力雄厚的研究梯队和教师队伍。