土木工程学院的前身有两个源头，一是1951年成立的绥远省高级工业学校的土木科；二是1958年成立的内蒙古建筑学院，院党委书记由内蒙古建设厅厅长崔泽霖兼任，院长调原中华全国总工会海员工会副主席李大林担任，副院长由内蒙古建设厅副厅长曾则西兼任。内蒙古建筑学院大学部设建筑工程系，有四年制本科和两年制专科的工业与民用建筑专业，有四年制本科的建筑学专业。自治区政府高度重视建筑学院的建设，由清华大学对口支援内蒙古建筑学院，将原北京市建筑科学研究所副所长郑钫高级工程师（清华大学土木系1938年毕业）调任建筑工程系主任；专业教师主要是来自清华大学、天津大学、南京工学院（今东南大学）、同济大学等院校的毕业生。1961年全国院系调整时，内蒙古建筑学院合并到内蒙古工学院，成立建筑工程系，“文革”期间停止招生。1975年工业与民用建筑专业恢复招生，1985年开设公路与城市道路专业。随着土木建筑学科的发展，2000年学校决定将建筑工程系更名为建筑工程学院。为了更好的促进各专业发展，2008年学校决定将原建筑工程学院分为土木工程学院和建筑学院两个学院，2012年土木工程专业通过住建部土木工程专业教育评估，2017年6月土木工程专业通过住建部土木工程专业教育评估（认证）。

目前，土木工程学院拥有土木工程、道路桥梁与渡河工程、给排水科学与工程、建筑环境与能源应用工程、工程管理和交通工程六个本科专业。学院还拥有工程力学二级学科博士授予权、土木工程一级学科硕士授予权，其中涵盖岩土工程，结构工程，供热供燃气通风与空调工程，防灾减灾工程及防护工程和市政工程五个二级学科硕士授予权，以及交通运输工程一级学科硕士授予权，包括道路与铁道工程二级学科硕士授予权；此外还有建筑与土木工程领域的工程硕士授权点和工程管理硕士专业学位授权点。

学院现有教职工100人，其中教授13人，副教授38人，具有博士学位的教师22人，具有硕士学位的教师55人，在读博士17人，博士生导师5人，硕士研究生导师36人。现有教师中许多人具有国家一级注册结构工程师、注册土木（岩土）工程师、建造师、造价师、设备师、监理工程师资格。目前在校本科学生2346人，研究生314人。

2005年土木工程专业被学校列为首批建设的“校级品牌专业”；2006年土木工程专业被评为“内蒙古自治区品牌专业”；2007年和2011年，建筑环境与能源应用工程和给排水工程科学与工程专业分别被评为“自治区品牌专业”；2008年“结构工程”硕士点被列为“内蒙古自治区重点学科”的培育对象。2013年建成内蒙古自治区土木工程结构与力学重点实验室。2015年12月建筑环境与能源应用工程专业获评为自治区级重点建设专业；2017年12月学院实验中心获批土木工程实验教学示范中心。2018年全国第四轮学科评估中，土木工程学科为C-档。

学院实验室建筑面积为4334平米，计算机房面积为312平米，实验设备总价值达3106.86万元。学院设有图书资料室，各专业现行设计规范和标准齐全，数量充足，能够满足学生日常学习、课程设计和毕业设计的需求。

学院学术气氛浓厚，在内蒙古地区基本建设行业具有较大影响。不仅肩负着为自治区乃至全国培养工程技术人才的重任，同时承担了多项国家级、省部级科研项目。近年来，学院教师承担科研课题60余项；先后获自治区自然科学奖、科技进步奖等省部级奖项5项；在国内外各类学术期刊和学术会议上发表科研论文160余篇，许多科研成果在工程建设中经转化获得了良好的经济和社会效益。