食品科学与工程学院始建于1988年，下设食品科学与工程系、食品质量与安全系、包装工程系、乳品工程系等4个教学系和1个实验管理中心。拥有“乳酸菌与发酵乳制品”省部共建协同创新中心、“乳酸菌筛选与乳品发酵技术”国家地方联合工程实验室、“畜产品加工”国家级特色优势学科专项资助实验室、“乳酸菌与发酵乳制品”国家奶牛体系加工研究室、“乳品生物技术与工程”教育部重点实验室、“乳品生物技术”教育部工程研究中心、农业部东北区域农业微生物资源利用科学观测实验站、农业部奶制品加工重点实验室、农业部发酵乳品加工技术集成科研基地、“乳酸菌与乳品发酵剂”自治区工程实验室、“乳酸菌与发酵乳制品”自治区协同创新中心、“乳品生物技术与工程”自治区重点实验室、“乳制品研究”自治区重点开放实验室、“畜产品加工”内蒙古工程技术研究中心以及“益得”乳制品实验厂。

学院现有在校本科生1833名、硕士研究生352名，博士研究生58名；有教职工88名，其中教授26人、副教授23人，博士生导师20人、硕士生导师44人，有60位博士学位获得者，具有博硕士学位教师占专任教师总数的98.55%。专任教师中“长江学者奖励计划”特聘教授和国家杰出青年科学基金1人、国家优秀青年基金2人、享受政府特殊津贴专家2人、全国先进工作者1人、国家“百千万人才工程”1人、全国农业科研杰出人才1人、国家“万人计划”科技领军人才1人、教育部新世纪人才1名、自治区“新世纪321人才工程”一、二层人选8人、入选自治区“333人才引进工程”首席专家2人、自治区“草原英才”10人。

学院现有1个国家重点领域创新团队、1个教育部科技创新团队、1个农业部科研杰出人才及其创新团队、3个自治区创新创业人才团队、1个自治区科技创新团队、1个自治区高等学校科技创新团队，2个内蒙古自治区“草原英才”创新团队和2个内蒙古农业大学科技创新团队。

学院设有食品科学与工程、食品质量与安全、包装工程和乳品工程4个本科专业。学院现有食品科学与工程一级学科博士（硕士）学位授权点1个，下设食品科学、农产品加工及贮藏工程2个二级学科博士授权点；食品科学、农产品加工及贮藏工程、粮食油脂及植物蛋白工程3个二级学科硕士授权点和食品加工与安全专业硕士学位点1个。2019年食品科学与工程学科获批博士后流动站。其中，食品科学与工程专业是自治区品牌专业，并2014年入选首批“国家卓越农林人才教育培养计划”试点项目，2019年获批国家级一流专业建设点。农产品加工及贮藏工程学科是自治区重点建设学科，2016年食品科学与工程学科入选自治区首批“一流学科”建设序列，在2017年全国第四轮学科评估中获得“B”档。内蒙古畜产品加工研究会、内蒙古营养协会、内蒙古乳酸菌协会挂靠在本院。

多年来，一直坚持教学、科研和生产实践相结合，近5年学院教师承担国家自然科学基金、科技支撑计划项目、863项目等国家级科研项目共60项，资金5147.6万元，承担省部级及横向科研项目117项，资金3810.7万元。学院教师在“Nature Communication”发表文章2篇，国内外重要学术期刊发表科技论文543篇，SCI和EI收录218篇，出版教材和专著11部，申请国家发明专利56项，其中获得授权发明专利40项。获得教育部科技进步一等奖、教育部科技进步二等奖、内蒙古科技进步一等奖、内蒙古自然科学一等奖各1项，内蒙古自然科学二等奖2项，获得高等教育自治区级教学成果一等奖1项，中华农业科技奖1项，大北农科技奖励科技成果奖1项，内蒙古自治区十大科技进展1项。

学院十分重视学生综合素质的培养，以提高学生的创新能力、实践能力为突破口，大力开展学生第二课堂及科技创新活动。近5年，学院设立科技创新基金项目，立项70项，约350人次参与。学生在全国和自治区“挑战杯”大学生课外学术科技作品竞赛、“创青春”创业计划大赛、互联网＋大学生创新创业大赛以及食品行业大赛等竞赛中屡获佳绩，区级及区级以上获奖项目累计22项，获奖学生累计114人次。2018年获“创青春”浙大双创杯全国大学生创业大赛第十一届“挑战杯”大学生创业计划竞赛铜奖，2017年获第三届“互联网+”大学生创新创业大赛国家铜奖、自治区金奖。2014年“内蒙古农业大学食品科技创新团队”荣获年度全国大学生“小平科技创新团队”。

在人才培养过程中，我院注重国际合作与交流，现有蒙古国留学生班2个。同时，学院与中国农业大学、美国亚利桑那州立大学等国内外著名大学及中国科学院北京基因组研究所等科研院所，建立了科技协作和联合人才培养等合作关系。为了解决自治区经济建设中的实际问题，通过利用我院“国家地方联合工程实验室”、“教育部重点实验室和工程中心”等14个科研平台及学生实习实践基地，成功地完成了乳制品中天然乳酸菌的分离与开发利用，功能性乳制品及肉制品的研制，以及高新技术在乳肉贮藏保鲜、加工和肉宰后生理等方面的应用。其中“功能乳酸菌开发”、“绿色草原羊肉安全生产和加工关键技术”、“内蒙古主要优良肉羊品种羊肉品质研究与质量控制技术”等部分成果已成功地应用到“伊利集团”、“蒙牛集团”、“内蒙古伊泰生态农业有限公司”、“内蒙古额尔敦牛羊肉有限公司”等企业的产品研发和生产当中，取得了良好的经济效益和社会效益。

我校自2012年4月被国家商务部批准为援外培训承办单位，是内蒙古唯一的承办单位。截止2019年6月，我院作为协办单位先后开办了8期援外项目培训班、研修班，累计培训了来自阿塞拜疆、约旦、立陶宛、乌拉圭、坦桑尼亚、津巴布韦、尼加拉瓜、巴拿马、古巴，南苏丹、格林纳达、马来西亚、多米尼加共和国、蒙古国等30多个国家的200多名官员、学者，以及相关技术人员。培训班通过专题讲座、参观考察、文化体验、学术交流的方式，为学员讲述乳、肉、农产业的发展现状与发展趋势，传授在相关领域的中国经验和技术。目前，我院已形成了一整套系统的教学服务管理模式，拥有较强的国际培训实力和丰富的国际官员培训经验，为进一步推动国际交流与合作做出了贡献。