内蒙古民族大学马克思主义学院原为马列教研部，2000年8月，与内蒙古民族大学同时成立，由原内蒙古民族师范学院、内蒙古蒙医学院和哲里木畜牧学院三所本科院校的马列教研部合并而成。根据教社科[2008]5号文件精神，于2009年1月16日更名为马克思主义学院。2017年5月，被评为首批内蒙古自治区党委宣传部与学校共建的重点马克思主义学院。2017年7月，为深化综合改革，推动学校内涵式发展，校党委决定，思想政治教育专业（师范类）由政法与历史学院调整到马克思主义学院。自此，马克思主义学院不仅承担着全校研究生和本专科生的思想政治理论课教学任务，同时也开始承担思想政治教育本科专业建设和人才培养的任务，开始形成了本科生和硕士研究生相衔接的人才培养体系。

现设有马克思主义基本原理、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论、习近平新时代中国特色社会主义思想、中国近现代史纲要、思想道德与法治、铸牢中华民族共同体意识、形势与政策、哲学、政治学和思想政治教育10个教研室；内蒙古自治区品牌专业1个、自治区精品课2门、一流课程2门、校级精品课2门、校级优秀课程1门、校级优秀教学团队3个、实践教学基地2个；马克思主义理论一级学科硕士点1个、二级学科硕士点5个、专业硕士学位点1个。现有“内蒙古铸牢中华民族共同体意识研究基地”“内蒙古铸牢中华民族共同体意识大中小学思政课一体化教师培训基地”“内蒙古思想政治理论课虚拟仿真体验教学中心”各1个，是内蒙古自治区首批人文社会科学研究基地——“内蒙古东部经济历史文化研究基地”“内蒙古自治区社会主义核心价值体系研究基地”及国家民委首批人文社科重点研究基地——“蒙古族历史文化与社会发展研究基地”的重要支撑单位；设有“大学生思想政治教育研究所”“北方民族研究所”“内蒙古民族大学思维机制及功能研究所”。