南京大学教育学科的历史可追溯至1918年创立的南京高等师范学校教育专修科。1982年南京大学在教务处设立高等教育研究室，教育学科得以复建。1986年高教室升格为系所级建制，1987年更名高等教育研究所。2002年成立教育科学与管理系，高教所作为校级研究所仍然保留。2009年教育科学与管理系改建为教育研究院。学院现设有高等教育研究所、课程与教学研究所、教育经济与管理研究所3个校级研究所，并与江苏省教育厅、江苏省考试院、南京市教育局，合作共建扬子江教育智库、江苏教育名师发展研究中心、江苏省教育考试中心等智库与研究机构，南京大学高等教育研究与评价中心挂靠在教院。

经过多年建设，教院在高等教育学、课程教学论、教育经济与管理等研究领域形成一定特色与优势。目前拥有完整的教育学硕士、博士培养体系，拥有教育学一级学科硕士点、博士点，在第五轮学科评估中，南京大学教育学科获得良好成绩，在C9高校中排名靠前。2019年成立陶行知教师教育学院，率先在高水平综合性大学开展师范教育，致力于培养中小学卓越学科教师。2023年，教院牵头实施“国优计划”，依托南京大学数、理、化、生基础学科的强劲学科实力及优质生源，与外国语学院、大学外语部、物理学院、匡亚明学院等院系共享师资，探索高水平综合性大学举办高质量教师教育的新模式。

教育研究院党委书记、院长为黄斌教授，副院长为陈晓清副研究员和宗晓华教授；陶行知教师教育学院执行院长为黄斌教授，副院长为陈晓清副研究员和宗晓华教授。目前全院在职教师及行政人员共29人，其中有9位教授、4位副教授、2位助理教授。

学位点发展情况：（1）学士。2002年成立教育科学与管理系后，开始招收教育技术学（数字媒体与知识工程）专业的本科生，授予理学或教育学学士学位。2003年首批学生接收的是校内其他专业转来的学生，2004年正式招生至2008年。（2）硕士。1993年获得高等教育学硕士学位点，之后又增设教育经济与管理、课程与教学论、教育技术学硕士点，分别授予管理学和教育学硕士学位，并成为教育学一级学科硕士点。2014年设立教育硕士学位点（教育管理领域），2019年陶行知教师教育学院成立后，增设学科教学（英语）、学科教学（物理）领域的专业硕士点。（3）博士。2006年获得高等教育学博士点，2009年获得教育（Ed.D）专业学位点。

陶行知教师教育学院于2019年10月成立。为响应中共中央、国务院关于“高水平综合性大学参与教师教育”的号召，南京大学首开先河，积极探索高水平综合大学举办教师教育的有效路径。2020年秋季，首批学科教学（英语）和学科教学（物理）教育硕士生入学。陶行知教师教育学院秉持陶行知先生“知行合一”的教育理念，以“培养有教育情怀和教育信念、有扎实的学科知识和现代教育理论、有较强的教育教学实践和研究能力的高素质的中学专任英语教师和中学专任物理教师”为职志，相较于师范院校培养教师队伍的“常规军”“大部队”，更希望能培养出教师队伍中小规模的“特种兵”。

陶行知教师教育学院的育人理念如下：

以行知精神涵养师范生的“大先生”情怀

以多学科师资彰显综合性大学教师教育优势

以“双高”协作跨越理论与实践的鸿沟

以教学技能比赛激发学生注重实践的内在动力

以开放的教育资源拓展教师教育受益面

以名师培训活动为教师教育一体化奠基

以密切校-府关系扩大毕业生的就业渠道