物流工程学院由机械工程系、电气自动化系、工业工程系、中荷机电工程学院（中荷机电工程系）、产教融合中心、机械工程实验中心和电气自动化实验中心组成。

学院现有电气工程博士后流动站，电气工程一级学科博士点，工业工程二级学科博士点，机械工程、电气工程和控制科学与工程3个一级学科硕士点，管理科学与工程一级学科下自设人工智能系统与应用二级学科硕士点，机械（机械工程）、能源动力（电气工程）和工程管理（物流工程与管理）3个工程硕士专业学位领域，以及机械设计制造及其自动化、机械电子工程（物流装备控制与安全）、电气工程及其自动化、自动化、测控技术与仪器、工业工程、物流工程、机械电子工程（中荷合作）和电气工程与智能控制（中荷合作）等9个本科专业。学院参与上海海事大学高峰学科“管理科学与工程（物流工程与管理）”——“港航物流系统智能化与绿色化”特色研究方向建设，并且参与上海高水平地方高校创新团队“管理科学与工程”——“先进物流装备管理与工程”方向重点创新团队的建设。机械设计制造及其自动化专业列入教育部“卓越工程师教育培养计划”，并且通过中国工程教育认证；物流工程、工业工程、机械设计制造及其自动化3个专业获评国家级一流本科专业建设点；电气工程及其自动化、机械电子工程（物流装备控制与安全）个专业获评上海市级一流本科专业建设点；工业工程专业实践教学研究虚拟教研室获批全国性虚拟教研室，这是我校第一个教学研究改革专题类全国性虚拟教研室；智慧港口装备虚拟教研室获批上海市首批市级虚拟教研室建设试点。

学院现有教职员工179名，专任教师134名，其中正高级职称18名，副高级职称47名。学院师资力量雄厚，汇聚了一批在相关行业领域解决行业重大攻关难题的专家和在学术领域做出创新性研究成果和贡献的学者，包括上海市多项人才计划等40余人次。

学院先后获得国家科技进步奖二等奖1项， 国家级学会奖20余项，省部级科技成果奖20余项。承担国家863项目、国家自然科学基金重点基金、国家科技部-国家重点研发计划等课题72项，政府及企事业单位委托的科研总经费达3.4亿元。发表学术论文2200余篇，其中SCI、EI检索收录1000余篇。国家专利授权170余项，其中发明专利授权80余项。学院自主研发的NetCMAS-起重机械监评系统及信息物理平台通过工业4.0合规性评估，这也是国内颁发的第一张欧盟工业控制系统安全等级合规认证书。形成了一系列国家级和省部级科研成果，为工业界解决了许多应用难题，在相应的学科领域和工业界里享有良好的声誉。学院与上海国际港务集团、振华重工集团、上汽集团、德国TUV、等许多国内外著名企业有着长期密切的产学研合作关系，与法国南特大学、法国海军学院、波兰格丁尼亚海事大学等有着广泛的科研合作。

围绕特色学科发展需求，学院已建成一批先进的教学、科研平台和高水平实验室，包括“现代港口物流”国家级实验教学示范中心和“现代港口物流”国家级虚拟仿真实验中心；集装箱供应链技术教育部工程研究中心、上海“智能海事搜救与水下机器人”工程技术研究中心、上海“港口与海洋重装备安全”工程技术研究中心、电力传动与控制研究所、机械工程设计研究所、港机与海洋工程装备检测中心、波浪补偿实验室、“上海海事大学-施耐德电气联合实验室”、“上海海事大学-美国德州仪器数字信号处理方案联合实验室”、“海大-汉德港机和海洋工程装备联合实验室”、海上清洁能源电力系统实验室、工业4.0实验室等。学院还拥有“上海海事大学-上海汽车集团股份有限公司乘用车分公司”工程实践教育中心和“上海海事大学-上海振华重工（集团）股份有限公司”工程实践教育中心两个国家级工程实践中心，以及“现代港口物流”国家级实验教学示范中心和“现代港口物流”国家级虚拟仿真实验中心，这些国家级实践平台现已发展成为学生实践和创新培养的核心支撑机构。在为工业界科技服务的过程中，学院也形成了一批面向工程应用的实践基地，现有研究生实习实践基地60余个，其中国家级基地1个，校级基地7个，院级基地50余个，为研究生实践能力的培养提供了充分的保障。

近年来培养学生获“机械创新设计大赛”“智能汽车竞赛”“大学生电子设计竞赛”“物联网设计竞赛”“中国智能制造挑战赛”“工业工程类专业课程设计大赛”等全国大学生比赛一等奖荣誉。大学生创新创业训练计划项目立项达600余项，其中国家级26项。

学院拥有中外合作办学机构----中荷机电工程学院。2006年经教育部批准，上海海事大学与荷兰泽兰德大学联合举办国际合作办学项目，包括“电气工程与智能控制（中荷合作）”以及“机械电子工程（中荷合作）”两个本科专业。学院主动适应新时期“一带一路”建设对教育对外开放的要求，积极开拓与“一带一路”沿线国家和沿海国家的高等教育合作，与数十所大学建立了交流与合作关系。

学院秉承“格物致知，知行合一，自强不息，厚德载物”的教育理念，坚持港航和物流学科特色，面向长三角一体化、上海国际科创中心、上海国际航运中心和上海临港国际制造中心等区域战略发展目标，以工业4.0与智能制造2025、智慧港口、工业互联网等为应用背景，开展智能制造、物流装备健康诊断、船舶电力推进等研究，着力提升我国港航物流装备领域的技术原创能力和核心竞争力，为国家大型港口、航运、物流以及相关企业提供人才支持和技术支撑，为海上丝绸之路保驾护航。