土木工程学院设有森林工程、土木工程(交通土建工程方向、建筑工程方向)、工程管理、给排水科学与工程、测绘工程6个本科专业和方向。其中，土木工程专业为江苏省首批特色专业、江苏省品牌专业，并于2013年5月通过了国家住房与城乡建设部高等教育土木工程专业评估；森林工程专业为江苏省品牌专业、国家特色专业建设点；工程管理专业为江苏省特色专业，并于2016年6月通过住房城乡建设部高等教育工程管理专业评估；2012年，森林工程、土木类专业（土木工程、工程管理、给排水科学与工程）遴选为江苏省“十二·五”重点专业。学院获国家级教学成果二等奖1项，江苏省教学成果特等奖、一等奖各1项，二等奖2项。目前在校本科生和研究生近2000人。近几年，有9人获中国土木工程学会高校优秀毕业生奖；10多人获得实用新型专利；每年有80余人次在国家级、省级学科专业竞赛中获奖；2017年学院考研录取率达33%。

学院现有教职工102人，其中教授18人，副教授级高级职称44人。有江苏省“教学名师”1人，江苏省“333高层次人才培养工程”培养对象2人，江苏省“六大人才高峰”培养对象6人，江苏省“青蓝工程”8人，5名教师被遴选为学校4个一百人才工程，外聘国内外兼职教授多人。

学院现有1个博士点学科（森林工程），2个一级学科硕士学位点（土木工程、交通运输工程），森林工程、管理科学与工程2个硕士点；3个工程硕士领域学位授予点（建筑与土木工程、林业工程、交通运输工程），其中森林工程学科为国家重点学科和国家林业局重点学科，国家“双一流”建设学科中的二级学科。多年来学院共培养了500多名博士、硕士，现有在读博士硕士生近300人。

学院设有森林工程、交通土建工程、建筑工程、工程管理、测绘工程、给排水科学与工程6个系，有土木工程实验中心、森林工程实验中心和测绘工程实验中心等3个实验中心，其中土木工程实验中心为江苏省省级实验教学示范中心。设有水运研究所、道路与桥梁工程研究所、岩土与地下工程研究所、绿色建筑与结构研究所、江苏正本南林大净水研究中心、测绘工程研究所等6个研究所（中心）。

近几年，学院获得国家自然科学基金资助近30项；每年开展纵向课题研究30余项，发表（出版）学术论文（教材、论著）150多篇（部），年科研及科技服务经费800多万元。近几年承担地方政府和企业委托的科研和科技服务项目近100项。多年来参与了二滩水电站，沪宁高速等多条高速公路，南京第二、第三、第四大桥、苏通大桥、崇启大桥等跨江跨海大桥，南京地铁、苏州地铁、无锡地铁、宁波地铁、皖惠城际轨道，汶川及玉树地震灾区重建等国家重点工程建设项目的科技攻关和建设任务，曾获部省级科技进步奖5项，并多次得到江苏省和南京市政府的表彰。

学院与美国、俄罗斯、芬兰、澳大利亚、匈牙利、新加坡、加拿大、日本、法国、意大利等国的高校及科研机构建立了长期友好合作关系。