南京医科大学药学院成立于2002年，学院创办以来，不断发展壮大，教学管理不断完善，教育教学质量不断提高，教学实验室设施优良，教学、科研、科技开发和社会服务均取得较大成绩。

药学院现有教职员工112人，其中专任教师71人，实验室技术人员14人，专职行政管理人员10人，在站博士后13人。教师中正副教授40人，博士生导师21人、硕士生导师20人，另有兼职教授26人。现有国家“百千万”人才1人、国家优秀青年基金获得者3人、江苏省杰出青年基金获得者3人、江苏省“六大人才高峰”创新团队2个、江苏省“双创团队”1个、江苏省“333工程”培养对象5人、江苏省特聘教授1人、江苏省“青蓝工程”培养对象4人、江苏省双创人才3人等。

学院现设有7个学系（化学系、临床药学系、临床药理学系、药物化学系、药物分析学系、药剂学系、核药学系）、1个研究所（干细胞与神经再生研究所）、2个省级重点实验室（江苏省心脑血管药物重点实验室、江苏省基因药物技术中心）、1个省级教学示范中心（江苏省药学综合实验教学示范中心）。涵盖了化学、药物化学、药物制剂学、药物分析学、药理学、临床药学、天然药物学等学科。药学一级学科为江苏省重点学科，在第四轮教育部学科评估中获B等级，并入选江苏高校优势学科三期建设项目。药理学科为国家重点学科，药理毒理学与化学进入ESI数据库全球研究机构排名前1%。学院设立了药学一级学科博士后科研流动站，具有药学一级学科博士学位和硕士学位授权资格。

近年来学院承担新药创制科技重大专项、国家自然科学基金重点项目、重大研究计划项目、优秀青年基金、省自然科学基金重点项目、省杰出青年科学基金在内的重大研究20余项，国家自然科学基金面上及青年基金年均10余项。发表SCI论文年均50余篇，包括Nat Med,Circulation, Neuron等国际权威刊物，篇均IF为4.0以上。授权的国内专利年均10项。获教育部自然科学奖一等奖1项、二等奖1项，江苏省科技奖一等奖2项，江苏省教学成果奖二等奖1项。

近年来获全国优秀博士学位论文提名1篇、江苏省优秀博士学位论文3篇、江苏省优秀硕士学位论文6篇、江苏省优秀本科毕业论文14篇。本科生多次获全国药学专业大学生实验技能竞赛、全国大学生药苑论坛特等奖、一等奖等。

学院在“十三五”期间的总体目标是：全面提高学院在学科建设、人才培养、科学研究、科技开发、科学管理、服务社会上的整体水平，力争到“十三五”末期，把我院建成有特色，国内知名的药学院。