中国科技大学于1958年建校时就设置了计算机专业，老一辈计算机科学家夏培肃先生等亲自执教，创办之初，与中科院计算所合作自主设计并研制成功了我国第1台通用计算机--107机并于1960年安装于中国科大、1975年研制成功小型机KD-3，1983年与中科院计算所联合研制成功了功能分布式阵列处理机系统GF10系列，1983年研制成功了微型机KD-4和KD-5并于次年转让给湖北无线电二厂投入生产。1982年成立了计算机科学技术系,与中科院计算所联合培养了国内首批博士。1990年获得计算机软件博士学位点；1995年成立了我国的第1个国家高性能计算中心；2000年获计算机科学与技术一级学科博士学位授予权，并建立博士后流动站，该学科是中国科学院博士生重点培养基地；2007年我系计算机软件与理论专业经教育部评审为国家重点学科。2009年3月计算机科学与技术学院正式成立。本着"全院办校,所系结合"的办校方针,我院和中国科学院计算所、软件所、沈阳自动化所对口结合。

中国科学技术大学计算机科学与技术一级学科具有硕士、博士学位授予权，博士后流动站，本学科具有增设二级学科的自主权。目前本学科所辖的计算机软件与理论、计算机系统结构、计算机应用技术、信息安全四个二级学科均具有硕士、博士学位授予权，其中计算机软件与理论为国家重点学科,系统结构为省重点学科。本学科还具有软件工程和计算机技术两个工程硕士学位授予权。依托计算机科学与技术一级学科，我校成为教育部和国家计委批准的首批建立国家示范软件学院的单位之一。本学科点的支撑实验室有国家高性能计算中心（合肥）、安徽省高性能计算重点实验室、安徽省计算与通讯软件重点实验室、多媒体计算与通信教育部-微软重点实验室、中国科大超级运算中心和信息科学实验中心。

目前计算机科学与技术学院拥有教职工90多人，已形成了以陈国良院士为核心、由65人组成的以中青年学术骨干为主体的学术梯队，教授23人，副教授27人，有博士学位的年轻学者43人，拥有杰出青年基金获得者、长江学者特聘教授、新世纪人才等学术骨干，其中高性能计算的研究队伍入选国家教育部创新团队。在校本科生600余人，硕士生近400人，博士生150余人。