中国科学技术大学是国家教育部和国家计委（今国家发改委）首批批准设立国家示范性软件学院的院校之一。在著名高等院校设立国家示范性软件学院是国家发展的战略性规划，它对国家经济结构战略性调整起到了重要的促进作用，是国家赶超美国、爱尔兰和印度等国家软件业发达国家的重要举措。同时，示范性软件学院的办学模式、管理体制和运行机制也是我国高等教育改革和创新的一种尝试。

成立于2002年3月的软件学院秉承该校在创新和进取中凝练出的“红专并进、理实交融”的校训和“我创新故我在”的教育理念，坚持“质量优异、规模适度、夯实基础、注重实践”，依托该校计算机、数学、电子、通信和微电子学科的基础与专业基础课师资力量和丰富教学资源进行办学。同时，学院聘请海内外著名企业和大学的专家、教授授课，课程设置与国际接轨，课程内容面向软件市场和企业，强化实践教学，并提供优良的硬件条件和教学环境。