2000年，在中国工程院院士沈寅初教授的倡议下，浙江工业大学药学院开始组建并于2001年11月28日正式挂牌成立。2013年，依托学院为主体申报的“长三角绿色制药协同创新中心”入选首批国家“2011计划”。

学院以“天人合一，循理精炼”为院训，以建设区域特色鲜明的应用研究型学院为目标，坚持特色发展、协调发展、国际化发展，在队伍建设、人才培养、学科建设、科学研究、社会服务等诸方面实现了令人瞩目的发展。

学院下设研究所10个，拥有专任教师108人，其中正高职称教师37人，副高职称教师45人，具有博士学位教师占专任教师的78.7%;教育部“长江学者特聘教授”1人，享受国务院政府特殊津贴2人，浙江省特级专家1人，浙江省有突出贡献中青年专家1人，教育部“新世纪优秀人才支持计划”1人，“钱江学者”特聘教授2人，浙江省高校中青年学科带头人7人，浙江省“新世纪151人才工程”28人。

学院拥有“药学”省重中之重一级学科1个，“中药学”、“化学生物学”省重点学科2个。2015年12月，药学学科入选浙江省一流学科(A类)。学院拥有药学一级学科博士授予权，下设药物化学、药剂学、药理学、天然药物学、药物分析、微生物与生化药学、化学生物学等七个学科方向，拥有制药工程、药学专业学位授予权;拥有制药工程、药物制剂、药学、中药学、生物制药等五个本科专业，其中制药工程为国家级特色专业、浙江省优势专业，并通过教育部全国工程教育专业认证;药物制剂为浙江省新兴特色专业。

学院拥有国家化学原料药合成工程技术研究中心、绿色化学制药国家地方联合工程实验室、绿色制药技术与装备教育部重点实验室、浙江省绿色制药协同创新中心、浙江省新药创制科技服务平台、浙江省制药科技创新基地等科研平台。近年来承担国家级及省部级科研项目150余项，获国家技术发明二等奖1项，中国石油和化学工业协会科技进步一等奖4项，其他省部级科技奖30余项，发表三大索引学术论文600余篇，出版专著3部，授权发明专利400余项。