浙江海洋大学港航与交通运输工程学院组建于2012年12月，是学校为更好地对接海洋经济大发展、服务浙江海洋经济发展示范区和浙江舟山群岛新区建设而调整组建的一个二级学院。

学院下设海运工程系、水利土木工程系、海运实验实训中心、港工实验实训中心等2个系和2个中心，现有教职工75人，其中高级职称26人，硕士生导师29人，同时聘用了一批高级职称专家和实践经验丰富的双师型教师。开设航海技术、交通管理、轮机工程（轮机管理与船机修造2个方向）、港口航道与海岸工程、土木工程、建筑环境与能源应用工程6个本科专业，其中港口航道与海岸工程专业为省级新兴特色专业，轮机工程专业入选为浙江省“十三五”优势特色专业，航海技术和轮机工程专业为省应用型试点专业群，建有国家级实验教学示范中心（船海与港航工程实验教学示范中心）；学院拥有轮机工程学术学位硕士点、水利工程学术学位硕士点、交通运输工程专业硕士学位点；现有在校全日制本科生1353人，研究生159人。