生物与化学工程学院始建于1984年，历经食品工程系、生物化学工程系和生物与化学工程学院。是安徽工程大学最早的四个教学单位之一。学院在30多年的发展历程中，秉承“尚德敏学、唯实惟新”的校训精神，以本科生教育为主，大力发展研究生教育，紧密结合专业服务地方社会经济发展，为“国内知名、省内一流的地方特色高水平大学”建设提供强力支撑。

生物与化学工程学院现有食品科学与工程、生物工程、化学工程与工艺、生物技术、环境工程、应用化学、高分子材料与工程以及生物制药8个本科专业，拥有生物工程（学术、专业）、食品科学与工程、环境科学与工程、化学4个一级学科硕士点，微生物学二级学科硕士点。发酵工程为省级重点学科，生物工程（轻工技术与工程）、环境科学与工程、应用化学（化学）、食品科学与工程、微生物学为校级重点学科，其中生物工程为校级博士立项支撑学科，并拥有微生物发酵安徽省工程技术研究中心等6个省级研究平台和1个省级科研创新团队。

学院现有教职工123人，其中具有高级职称68人，占教职工比例为61.8%，具有博士学位（含在读博士）的教师79人，占教职工比例为64.23%；硕士生导师63人（其中校外导师15人），其中省级名师工作室1人，省级教学名师3人，省优秀教师1人，省级教坛新秀4人。并聘请中国科学院吴奇院士、清华大学邢新会教授等一批国内外知名学者担任兼职教授和硕士生导师。现有全日制本科学生、研究生2750多人。

学院毕业生就业率多年在95%以上，考研率一直居于学校前列，现已向社会输送毕业生9000余名。广大教师积极开展教学与科学研究，近年来先后主持国家自然科学基金、国家农业科技成果转化资金等国家级科技项目40余项，安徽省科技攻关、安徽省自然科学基金等省级科技项目80余项，获省部级科技进步奖一等奖1项、二等奖4项、三等奖10项，获授权发明专利80余项，发表SCI和EI收录论文300余篇。

学院积极贯彻学校“质量立校、人才强校、特色与和谐兴校”的办学理念和“诚实做人、踏实做事、扎实做学问”的育人理念，创建应用化学“拔尖班”。大力开展创新创业教育，举办各类学科竞赛、校园啤酒节、三民晚会等课外科技文化活动，拓展学生第二、第三课堂。近5年来，多人次在全国节能减排大赛、全国化工设计大赛等学科与技能竞赛中获奖，连续5年本科生一次性就业率均为96%以上，考研升学率达20%以上，CET-4合格率为72.4%，省级计算机二级通过率为98.23%。

目前，学院正在向“深化内涵建设、做强生化学院”的总体目标迈进。