药学院创建于1998年，学院现有基础与临床药理学、药剂学、药物化学、天然药物化学、药物分析、中药学、中药炮制、药用有机化学8个教研室和药物代谢中心、分子药理、药物研究所等研究室、所，有教职工67名，其中专任教师50人，教授15名，副教授23名；博士生导师11名，硕士生导师45名，90%教师具有博士学位。有首批“全国高校黄大年式教师团队”1项，国家级教学团队1项，教育部骨干教师1名，皖江学者3名，安徽省高校领军人才1名，安徽省教学名师3名，安徽省学术和技术带头人5名，安徽省学术技术带头人后备人选5名。

学院拥有重大自身免疫病安徽省实验室、抗炎免疫药物教育部重点实验室、药学、中药学安徽省省级重点学科。中药药理学为国家中医药管理局中医药重点学科建设点，《临床药理学》课程被评为国家级精品课程、国家级精品资源共享课、中国医学教育慕课联盟首批规划课，药学专业被教育部、财政部批准为第三批高等学校特色专业建设点，医药复合型人才培养模式创新实验区被评安徽省人才培养模式创新实验区。近三年，学院“药理学与毒理学”ESI全球排名一直位于前1%，“药理学与毒理学”获得安徽省省属公办普通本科高校世界一流学科，“药学”获安徽省国内一流学科奖补资金项目（A类）资助和安徽省高峰学科建设立项。学院承担含国家自然科学基金资助项目、中医药行业科研专项等国家级项目30多项，省部级项目24项，总科研经费达1400余万元，申请或授权国家专利20余项。发表SCI论文332篇，其中ESI高被引论文（HCP）7篇。

学院现有药学、中药学、临床药学3个本科专业，药学、中药学2个一级学科硕士（学术型及专业型）授权点，药学一级学科博士授权点和药学博士后科研流动站，形成了本科、硕士、博士、博士后教育为一体的多层次办学格局。

学院践行知识探究、能力建设和人格养成“三位一体”的人才培养理念，始终以“立德树人”为根本，以提高培养质量位核心，注重基础，强调实践能力训练，注重学生社会责任、组织能力、团队精神、创新意识、道德修养等综合素质的培养，通过广泛深入、丰富多彩的课内外科技学术活动、文体活动、志愿活动、社会实践等形式，培养学生创新能力、创新精神和科学作风，促进学生德智体美劳全面发展。近年来，学生培养质量稳步提高，研究生年就业率达到100%，本科生年平均就业率在95%以上，在全国各类大学生赛事上屡获佳绩，先后获得国家级暑期“三下乡”社会实践优秀团队、“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛全国二、三等奖，全国医药院校药学/中药学专业大学生实验技能竞赛连续五届获得最高奖项——特等奖，全国大学生药苑论坛连续三年获一等奖，获得安徽省大学生职业生涯规划金、银奖。

2015年起，学院与美国东北俄亥俄医科大学合作，每年从本科生中选派部分学生赴美参加为期1年的交流学习，目前已选送5名29名学生参加。为学院师生拓宽国际视野、提升国际声誉，积极推动学院教学改革和发展创造良好机遇。