1985年集美师范专科学校设立政治教育专业，培养具备马克思主义基本理论和思想政治教育专业知识，并能在党政机关、学校、企事业单位从事思想政治工作的专门人才。从1985年至1999年，政治教育专业（1990年起改称“政治教育系”）始终坚持正确的办学方向和服务教育发展、经济建设与社会需求的办学宗旨，注重实践能力培养，培养出十四届近千名学生（其中1991年未招生），所培养的毕业生主要服务于福建省内的中等学校、党政机关、企事业单位。而今许多毕业生已成为地方教育单位和党政机构的重要力量，为地方教育事业、经济建设发挥着积极作用。

1993年集美师范专科学校更名集美高等师范专科学校，1994年9月集美大学成立，集美高等师范专科学校并入集美大学并更名为师范学院。被并入集美大学的同时还有集美航海学院、厦门水产学院、福建体育学院、集美财经高等专科学校等四所高校，四所高校中，福建体育学院有独立的马列主义教研室机构设置，集美航海学院、集美财经高等专科学校有独立的社会科学部机构设置，厦门水产学院有社会科学部、经贸系系部合一的机构设置。厦门水产学院社会科学部（经贸系）从1993年到1998年培养了六届学生，为社会输送了近三百名经济人才。1999年10月在集美大学实现实质性合并时，以原师范学院政治教育系为基础，结合集美航海学院、厦门水产学院、集美财经高等专科学校三所高校的社会科学部，以及福建体育学院马列主义教研室的力量，组建新社会科学系（部）。新成立的社会科学系（部）师资实力大增，从2001年起社会科学系（部）招收社会工作专业本科生，2003年起招收法律专业本科生，原设于航海学院的法学专业（海商法方向）也于2008年整合归口本单位。

2006年社会科学系（部）办学水平再上一个层次，开始招收“马克思主义中国化研究”专业研究生，为党政机关、高等院校、科研机构、企事业单位等相关部门培养从事教学、科研、管理和社会服务工作的高级专门人才。2007年社会科学系（部）更名政法学院，成为拥有一个“马克思主义中国化研究”专业硕士点，两个本科专业，并负责全校思想政治理论课教学的集美大学二级机构。

2014年11月，政法学院分立为思想政治理论课教研部和法学院两个单位，其中社会工作专业、法学专业、法学专业（海商法方向）划归法学院。思想政治理论课教研部则专门承担全校思想政治理论课的教研工作以及“马克思主义中国化研究”专业研究生培养工作。“马克思主义中国化研究”专业有两个研究方向——社会发展与文化建设研究、特区经济理论与两岸关系研究。社会发展与文化建设研究方向主要研究当代中国社会发展和文化建设的重大理论和现实问题；特区经济理论与两岸关系研究方向则主要研究改革开放以来的特区经济理论实践、两岸关系和祖国统一问题。2015年思想政治理论课教研部又承担了学科教育（思政方向）专业硕士的培养任务，招收该方向教育硕士研究生。2021年10月获得“马克思主义理论”硕士学位授权一级学科。

2017年4月13日，更名马克思主义学院，以适应新形势下立德树人任务的需要。目前集美大学马克思主义学院是福建省教育工委确定“福建省重点马克思主义学院”，福建省马克思主义学院“1+N”建设引航计划组团负责单位，厦门地区高校思想政治理论课教学协作中心主任单位，学院拥有福建省教育厅人文社科研究基地——陈嘉庚与爱国主义研究中心。马克思主义学院下设马克思主义基本原理概论、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论、中国近现代史纲要、思想道德修养与法律基础、形势与政策、陈嘉庚精神、军事理论等教研室。学院现有教职工60多人，其中，教授、副教授20多人，有校内研究生导师19人，另有校外兼职研究生导师12人。学院的学科建设、课程建设具有深厚的历史积淀，目前已形成一支师资结构合理、教学能力突出、科研实力雄厚的教师队伍，推出一批影响广泛的教学和科研成果，培养一批理论扎实、能力突出的研究生。面向未来，学院将牢牢把握学科使命，紧紧围绕我校建设“工海”特色更加鲜明的一流大学的战略目标，努力建设成为马克思主义理论教学、研究和宣传的重要阵地，为国家和地区培养更多具有深厚理论基础、坚定理想信念的马克思主义理论专业人才和“工海”等领域人才。