中南大学基础医学院前身为湖南医科大学基础课部，始建于1956年，1984年初更名为基础医学系，1993年更名为基础医学院，2000年中南大学合并，2002年重组中南大学基础医学院。

中南大学基础医学院伴随“百年湘雅”的发展不断成长壮大，是我国现代基础医学的发祥地之一，已成为集教学、科研和社会服务于一体的国家基础医学高级专门人才培养和科学研究基地。学院现有基础医学、生物学和特种医学3个一级学科的博士点与博士后流动站以及1个生物医学工程硕士点。拥有1个国家重点二级学科（病理学和病理生理学），2个湖南省重点一级学科（基础医学、生物学），4个湖南省重点二级学科（人体解剖与组织胚胎学、病原生物学、生理学、肿瘤学）；1个国家干细胞研究工程中心、7个省部级重点实验室。免疫学、生物学与生物化学、遗传学与分子生物学进入ESI全球前1%。学院现有基础医学、法医学和生物医学工程3个本科生招生专业，拥有肿瘤学、干细胞工程与遗传学、神经生物学、生理学、免疫学、解剖与组织胚胎学、病理学与病理生理学和病原生物学等30余个研究生招生学科和方向；在读本科生、硕士和博士研究生1000余人。

基础医学在2007年教育部组织的全国一级学科评估中获全国排名第一，2012年获全国排名第五，2017年获得B+,免疫学2017年进入ESI(基本科学指标）全球前1%。2014年国家人社部开展的第二轮博士后流动站综合评估中基础医学博士后流动站获得“全国优秀博士后科研流动站称号”。基础医学入选中国校友会网2014中国五星级学科专业，跻身中国一流学科专业榜单。

学院现有专任教师173人，其中教授63人，副教授76人。下设9个系、2个研究所、1个教研室、1个基础医学实验教学中心。在鼻咽癌等恶性肿瘤的发病机制、胚胎干细胞和辅助生殖、马王堆文物保护技术以及脓毒症机制等研究领域居国际先进水平。与中信集团共同组建的中信湘雅生殖与遗传专科医院是国际上接受试管婴儿治疗人数最多、妊娠率最高的生殖中心。法医学已成为国内权威的法医鉴定团队。

学院现有10门国家级精品资源共享课和国家级精品视频公开课。基础医学MOOC群亦颇具影响，国家精品MOOC《生理学》选课人数近20万，《病理生理学》选课人数逾10万，两门课程注册人数均居同类课程之首，选课学生覆盖全国200余所高校。学院拥有基础医学形态学国家级教学团队、机能学实验国家级示范性实验教学中心以及人体形态学科技馆全国科普教育基地。国家级教学团队1个，省级教学团队1个。

近年，主编、副主编、参编教材140多部，主持省级教改项目9项，校级教改项目30项，发表教改论文80多篇。2人分获全国高等学校评选创新创业课程“精彩一课”比赛一等奖、二等奖，1人获得第三届全国基础医学青年教师讲课比赛二等奖，1人获第十一届全国人体寄生虫学教学改革与课程建设研讨会微课大赛二等奖；2人获得湖南省教育厅组织的青年教师讲课比赛二等奖，2人获湖南省第二届微课大赛二等奖，湖南省普通高校教师课堂教学竞赛三等奖1项；1人获湖南省科协首批中青年人才托举计划；1人获批新疆维吾尔自治区“天山学者”计划特聘教授、1人获批“天山学者”计划主讲教授，两人均被聘为新疆医科大学“双聘教授”。

十三五期间，学院共获科研项目200余项，其中国家自科基金79项，进校总经费8300余万元。先后承担国家“973”项目5项、国家“863”计划项目6项、国家科技支撑计划项目1项、国家然科基金重大科研计划项目2项、重点项目2项。高水平论文不断涌现，发表各类学术论文886篇，其中ESI论文635篇，申报国家专利196项、授权国家专利175项，一项软件著作权转化成300万元无形资产。与其他单位联合获得国家科技进步一等奖，湖南省自然科学二等奖3项、三等奖4项，湖南省医学科技一等奖1项、青年英才奖1项、青年科技奖1项、科技创新奖1项。

此外，学院开展了广泛的国际科研交流活动，先后派出100多人次出国进修和访问考察，邀请了海内外著名专家学者来院讲学，与多国家和地区建立了学术交流和科研协作关系。