研究院是深圳市政府和清华大学于1996年12月共建的、以企业化方式运做的事业单位，双方各占50%股份，实行理事会领导下的院长负责制。研究院占地面积1.6万平米、建筑面积3.2万平米，1999年8月落成使用。

研究院恪守着清华“自强不息，厚德载物”的校训，秉承了深圳“敢闯敢试，兼容并蓄”的精神，以体制机制创新为核心，在实践中形成了独具特色的发展理念，确立了行之有效的发展战略，各项工作持续不断地取得了令人瞩目的进展与成绩。

研究院创立了“四不像”理论，即：研究院既是大学又不完全像大学，文化不同；研究院既是科研机构又不完全像科研院所，内容不同；研究院既是企业又不完全像企业，目标不同；研究院既是事业单位又不完全像事业单位，机制不同。

研究院确定了“四三二一”战略，即：四个加强，加强与清华的纽带，加强与政府的互动，加强与金融的结合，加强与国际的合作；三个重点，重点人才、重点项目和重点园区；两个关系，开拓发展和规范管理的关系，集体利益和团队激励的关系；一个核心，体制机制创新。