云南农业大学动物医学院的前身是国立云南大学农学院畜牧系，始创于1950年，1960年在小哨建立云南畜牧兽医学院，1961年云南畜牧兽医学院、昆明农学院和昆明林学院三个学校合并为昆明农林学院小哨分院，1964年迁至昆明农林学院本部黑龙潭成立畜牧兽医系，1969年搬迁至大理宾川县，1970年迁至寻甸县，1971年2月昆明农林学院畜牧兽医系与云南农业劳动大学畜牧兽医系合并成立云南农业大学畜牧兽医系，1979年由寻甸县迁至昆明市黑龙潭旁，1995年成立云南农业大学动物科学技术学院，2017年7月成立云南农业大学动物医学院。学院下设基础兽医学系、预防兽医学系、临床兽医学系3个系，有1个动物医学实践教学中心、1所学院附属动物医院。学院以本科教育为主，同时积极拓展研究生教育，2018年有全日制在校本科生744人，学术硕士研究生108人。

学科现有专职教师69人，其中教授23人、副高职16人，博士学位49人（80.3%），博导8人。入选国家百千万人才工程1人，有国家重点研发计划首席科学家1人，省级人才13人，国务院兽医专业学位教指委委员1人，教育部动物医学教指委委员1人，省部共建国家重点实验室1个，省级科研平台3个，省“千人计划”高层次创新团队1个，省级创新团队1个。

1996年获预防兽医学硕士授权，2002年获兽医专业硕士授权，2010年获兽医学硕士一级学科，含预防兽医学、基础兽医学和临床兽医学3个二级硕士点，2014年增设兽医公共卫生学硕士点，2018年在畜牧学一级学科下设畜禽健康养殖二级博士点，同年，兽医学被云南省列为“2018-2020年立项培育建设博士学位授权点”。

学科立足云南特殊的区域优势和动物疫病复杂多样性，围绕兽医领域开展研究，形成动物病理生理与动物病理生物医学、跨境动物与人兽共患病、近交系小型猪实验动物化与比较医学等特色研究方向。获世界首批内源性逆转录病毒失活克隆猪，以封面文章在Science上发表。近5年承担国家重点研发计划等各类项目115项，到账经费8567.7万元。获省部级科技奖11项、授权专利42项，成果转让7项，编写专著及教材37部，在Science、EID等SCI期刊收录论文62篇。

2010年以来承担国家及省部级等科研项目124项，科研经费8291.5万元。其中国家级35项（1725.8万元），国家自然科学基金项目31项（1397.8万元），973计划项目1项，国家重点研发计划子课题3项，云南省基础研究计划重大项目1项，云南省对外科技合作计划1项，云南省基础研究计划重点项目4项，校企等横向项目30项。2010--2018年发表学术论文636篇，其中在Science、Cell和PlosBiology等国际顶级期刊上发表SCI学术论文141篇，单篇最高IF为41.058。主编、参编教程57部，获授权专利34项，科技成果奖14项（教学科研奖3项），含云南省自然科学二等奖（排名第一）1项，云南省自然科学三等奖（排名第一）2项，湖南省技术发明一等奖（排名第四）1项。

学科始终坚持立德树人、德育为先人才培养导向，近5年培养全日制研究生267人，培养博士研究生16人，每届毕业生年终就业率均在95%以上，用人单位认可度和满意度高。