甘肃中医药大学1990年获得硕士学位授权资格，是甘肃省唯一一所具有硕、博士研究生培养资格的省属医学院校。现有中医学、中药学、中西医结合3个博士学位授权一级学科；有中医学、中药学、中西医结合、临床医学、生物医学工程5个硕士学术学位授权一级学科，涵盖了中医基础理论、中医临床基础、中医医史文献、方剂学、中医诊断学、中医内科学、中医外科学、中医骨伤科学、中医妇科学、中医儿科学、中医五官科学、针灸推拿学、民族医学、中医老年病学、敦煌医学、中西医结合基础、中西医结合临床、中西医结合护理、中药学、内科学、儿科学、老年医学、神经病学、精神病与精神卫生学、皮肤病与性病学、影像医学与核医学、临床检验诊断学、外科学、妇产科学、眼科学、耳鼻咽喉科学、肿瘤学、康复医学与理疗学、运动医学、麻醉学、急诊医学、比较医学、生物医学工程38个二级学科硕士学术学位授权点；有中医学、中药学、临床医学、护理及公共卫生5个硕士专业学位授权一级学科，涵盖了内科学、儿科学、老年医学、神经病学、精神病与精神卫生学、皮肤病与性病学、影像医学与核医学、临床检验诊断学、外科学、妇产科学、眼科学、耳鼻咽喉科学、肿瘤学、康复医学与理疗学、运动医学、麻醉学、急诊医学、中医内科学、中医外科学、中医骨伤科学、中医妇科学、中医儿科学、中医五官科学、针灸推拿学、民族医学、中西医结合临床、全科医学、临床病理学28个二级学科硕士专业学位授权点。并于2014年11月获批设立中医学博士后科研流动站。

学校拥有一支高水平的师资队伍，有博士生导师86人，硕士生导师541人。自1992年至2020年，招收培养全日制研究生2475人，已授予学位3116人（含高校教师及同等学力申请硕士学位人员）。目前全日制在校研究生2118人，其中硕士研究生1993人，博士研究生125人；同等学力申请硕士学位人员604人。学校在研究生培养过程中着力加强中医药服务体系建设，弘扬中医药文化，提升服务能力，已成为甘肃乃至西部地区教育、科研、医疗、保健、产业、文化的重要基地。千余人博硕士毕业生充分发挥人才智力和产学研协同创新优势，推进中药产业发展升级和中医药强省建设，促进全省医疗卫生事业发展；同时，充分发挥学校在传承发展中医药文化方面的优势，在甘肃省卫计委的大力支持扶助下自2010年起开设“西医学习中医”、“中医学习经典”硕士学位课程班八期，培养学员350余名，其中已获得硕士学位人员接近半数，为提高基层医疗卫生单位医护人员学历层次水平做出了应有贡献。

一直以来，学校始终把发展研究生教育视为建设高水平大学的关键，始终以“提高研究生培养质量”为核心，秉承“能撑起屋脊者皆为栋梁”的人才观,不断调整和完善高层次专门人才的成才机制，努力营造浓厚的学术氛围，激发研究生的科研创新能力。近年来我校研究生科研论文水平不断提高，在校研究生在国内外核心期刊上发表论文的数量稳步提升，表现出巨大的科研潜力。同时，为贯彻落实教育部、国家卫生计生委、国家中医药管理局等六部门联合印发的《关于医教协同深化临床医学人才培养改革的意见》精神，我校在研究生教育教学改革方面做了大量工作，结合住院医师规范化培训工作起草了中医专业硕士学位和临床医学专业硕士学位培养方案，结合公共卫生硕士、护理硕士专业学位培养要求制定了相应的培养方案。在研究生培养过程中强化导师责任制，重视导师考核，狠抓开题，严格培养环节，规范论文送审和查重，夯实科研和临床能力，研究生的培养质量稳步提高。近年来，学校进行了一系列研究生教育教学内容和课程体系改革，积极加强课程建设，严格研究生导师遴选与培训，不断提升导师指导水平，注重研究生的创新意识和创新能力培养。通过多年的研究生培养实践，学校不断强化研究生管理，逐步建立和完善学位与研究生教育的各项规章制度，学校的研究生管理工作更加科学、规范，研究生教育质量不断提高。学校毕业的研究生以其深厚的知识素养、出色的实践受到用人单位的广泛赞誉。

随着研究生培养质量的提高，毕业研究生总体就业情况良好。至2020年7月，共有毕业研究生2475人，就业单位以医疗卫生单位、科研单位和高校为主，一次就业率达80%以上。累计有100余名应届毕业生考取北京中医药大学、上海中医药大学、厦门大学等院校的博士研究生继续深造。