政府审计学院成立于2015年12月，其前身可以追溯到1987年时设置的工业审计系。学院定位是建设审计理论研究基地，培养多层次高素质审计专业人才，打造服务国家治理与区域经济发展的审计智库。

学院师资结构合理，在政府审计与内部审计方向具有较强的师资力量。现有教师70人，其中教授17人（占比24%），副教授21人（占比30%），博士生导师4人，教育部新世纪优秀人才1人，财政部会计学术领军后备人才2人，江苏省“333高层次人才培养工程”2人，江苏省高校“青蓝工程”中青年学术带头人3人，江苏省“六大人才高峰”高层次人才2人，江苏省“青蓝工程”优秀青年骨干教师培养对象2人。此外教师还担任了财政部企业内部控制标准委员会咨询专家、中国内部审计协会学术委员会委员、中国会计学会内部控制专业委员会委员、中国商业会计学会学术委员会委员、江苏省内部审计协会会长与秘书长，多次参与了审计相关法律法规准则的制定与修订工作。近年来，学院教师先后主持完成国家自然基金和国家社科基金13项、教育部人文社科基金、审计署重点科研课题、江苏省社科基金等省部级以上科研课题15项，积极参与国家有关审计法律法规和标准的制定，承担完成行政和企事业单位的横向课题，完成专著10余部，在省级以上专业学术期刊上公开发表论文200余篇，其中在《会计研究》《审计研究》《中国行政管理》等权威期刊发表高质量学术论文20余篇。

学院现有审计学系、政府审计系和内部审计系。南京审计大学审计科学研究院、新时代中国特色社会主义审计理论研究中心、自然资源与环境审计研究院、现代审计发展研究中心等四个研究院（中心），中内协内部审计学院、中国内部审计协会内部审计发展研究中心，以及江苏省内部审计协会等机构挂靠我院。学院长期重视学科建设，本学科已入选江苏高校优势学科建设工程一、二、三期项目；“现代审计理论与方法研究”为江苏省“青蓝工程”科技创新团队；“现代审计发展研究中心”是江苏省高校哲学社会科学研究基地，承担了教育部哲学社会科学研究重大课题攻关项目“更好发挥审计在党和国家监督体系中的重要作用研究”。

学院设有审计学本科专业，以及审计学（IAEP）特色专业方向，拥有审计学学术硕士和审计专业硕士（MAud）学位授予权。其中审计学专业入选国家一流本科专业建设点，为教育部特色专业建设点和“专业综合改革试点项目”、江苏省“十二五”重点专业、江苏省A类品牌专业和江苏省一流专业；审计学教学团队为国家级教学团队和江苏省高校优秀教学团队；“审计高等教育理论探索与实践创新”获江苏省高等教育教学成果特等奖和国家级优秀教学成果二等奖。此外，学院还承担了中国政府审计奖学金项目，为境外国家审计机关培养审计专业硕士人才。同时，学院与审计署以及各政府审计机关联系密切，积极探索国民教育与职业教育的深度融合，不断推进人才培养模式创新，学院已成为国内外政府审计重要的人才培养基地。