二十世纪末，在时任国务院总理的朱镕基同志的倡导和推动下，国务院于1998年7月批准成立国家会计学院，当时学院为国务院事业单位，由财政部代管，教学管理依托清华大学。2002年财政部发文将学院更名为“北京国家会计学院”。2012年学院纳入财政部所属事业单位机构编制。

建院以来，学院秉承朱镕基总理题写“诚信为本，操守为重，坚持准则，不做假账”的办学宗旨，为我国宏观经济管理部门、大中型企业以及社会中介机构培养了大批会计和审计高级专业人才。经过多年的发展，学院形成了以学位教育、中短期培训和远程教育为支柱的教育培训体系。学院拥有一支精通理论前沿及丰富实务经验的优秀师资队伍，在研究生培养过程中明确以提升职业能力为导向的培养目标，突出应用型人才培养特点，注重实践型、启发型教学。目前，相当比例的毕业生在大型企业和会计师事务所发挥骨干作用。

学院实行党委领导下的院长负责制，董事会由财政部、中央组织部、国家发展与改革委员会、国务院国有资产监督管理委员会、商务部、教育部、人社部、中国人民银行、审计署、国家税务总局、中国证监会、中国银监会、国务院台湾事务办公室、北京市人民政府、上海市人民政府、福建省人民政府、厦门市人民政府、北京市财政局、上海市财政局、厦门市财政局、清华大学、上海财经大学、厦门大学等组成。董事会主席由财政部部长担任。

学院位于北京顺义天竺开发区，总占地面积343亩，建筑面积12万平方米。其中，一期工程1998年4月开工建设，2001年5月投入使用；二期工程2011年3月开工建设，2016年4月投入使用。学院拥有一流现代化的基础设施和信息网络系统，能够提供多媒体教学及远程教学，可同时容纳1500名培训学员、400名全日制研究生在校学习。