在朱镕基同志的亲自倡导和大力推动下，上海国家会计学院于2000年9月正式组建。学院是财政部直属事业单位，由财政部和上海市人民政府双重领导，实行党委领导下的院长负责制。学院还是中国政府倡导设立的亚太财经与发展学院（AFDI）所在地，该学院是中国政府在APEC框架下倡导建立的第一个旨在促进区域能力建设的机构。

十多年来，在财政部的直接领导下，在各级领导的关怀和指导下，在社会各界的大力支持下，上海国家会计学院历经艰苦创业，积极探索高级财金、会计人才教育规律，适应经济社会发展对高端人才的需求和会计行业发展战略，面向国家宏观经济部门、国有大中型企业、金融机构和中介机构等开展高层次继续教育，形成了清晰的办学思路、办学模式。逐步形成了学位教育、高层管理培训、远程教育“三足鼎立”的事业格局，在经济社会领域形成了较高的知名度，被誉为会计人员的“精神家园”。

建院至今学院培训各类学员超过334万人次（其中境外2万人次），所承担的全国高端会计人才、国有企业总会计师培训等一系列国家级、全国性人才培养工程，面向企业、金融机构、政府财税部门的高级定制课程已发展成为具有广泛影响力的品牌项目。2011年，学院被国务院学位办批准为硕士专业学位授予单位，先后获得会计、审计、税务、金融专业硕士学位授予权。2013年，学院的中外合作办学项目（EMBA、EMPAcc）获教育部资格认定。学院与美国亚利桑那州立大学合作的EMBA项目在英国《金融时报》排名中位稳居全球前40名。作为国家级继续教育基地，学院还积极承担社会责任，大力发展远程教育，利用网络成本低、覆盖广的优势为广大的基层会计人员以及西部地区的经济管理人才提供优质的培训课程。

面向未来，学院坚持“国际知名会计学院”的办学目标，进一步探索完善符合学院实际的“一流培训基地+知名商学院”的特色发展模式，努力将学院发展成为中国顶尖的财会人才培养基地、国家财会政策与企业财务运作的重要思想库、全国性的会计信息集散中心以及重要的财会领域国际交流平台，以更好地为实现会计强国目标服务，为财政中心工作服务，为经济社会发展服务。