2005年2月，经国务院学位办批准，大连海事大学成为工商管理硕士（MBA）、公共管理硕士（MPA）和法律硕士（J.M）三个专业学位硕士研究生培养单位。2005年3月，学校分别成立了以上三个专业学位教育中心。进入2006年，为进一步整合学校教育资源，强化对专业学位教育的管理，促进教育培养工作的开展，打造国内一流的MBA、MPA和J.M品牌，学校研究决定成立专业硕士学位教育中心，后更名为专业学位教育学院。2011年，法律硕士教育中心由专业学位教育学院调整至法学院；同年3月，交通运输部管理干部学院和大连海事大学合作共建北京研究院，挂靠专业学位教育学院。专业学位教育学院是大连海事大学的二级教学单位，全面负责交通运输行业高层次人才的专业学位研究生教育和培养工作，是我校培养交通运输领域高级管理人才的重要基地与窗口。学院设招生与市场开拓部、培养与学位管理部及办公室三个部门，全面负责大连海事大学MBA、MPA教育的招生、培养、学生管理工作。学院独特的办学模式受到全国MPA教育指导委员会高度评价：“大连海事大学成立的专业学位教育学院，办学体制独特，发挥了科学管理的优势，有效地整合了学校优势学科与师资资源”。截止2015年9月底，学院现有专业学位硕士研究生826名，其中工商管理硕士（MBA）441名、公共管理硕士（MPA）385名，毕业生2500名。