动物医学学院创建于1948年，其前身分别是兽医系与动物医学系，1998年正式建院，先后建立了动物医学、兽医公共卫生、动物药学和禽病防治4个专业以及动物医学七年制“本-硕”连读班；目前主办专业为动物医学专业（含动物医学七年制“本硕”连读班）和动物药学专业。 学院拥有我国高等农业院校动物医学专业学科门类最全的一级学科博士点和博士后流动站，具有5个博士点和11个硕士点。所涵盖3个二级学科均具有博士和硕士学位授予权，其中基础兽医学学科为国家重点学科，临床兽医学学科为国家重点学科培育学科，预防兽医学学科为省级重点学科。在全国兽医学一级学科中排名中名列前茅。教师中教授有21人，副教授16人。其中，博士生导师16人，硕士生导师28人，拥有国内一流的教学与科研队伍和条件。1人被评为国家级教学名师，2人被评为省级教学名师，2人获得省杰出青年基金，4人被评为龙江学者特聘教授，2人被评为省优秀研究生导师。临床兽医团队2008年被评为国家级教学团队。

动物医学学院机构设置包括院党总支、院行政、院办公室和院团委。设有基础兽医学系、预防兽医学系、临床兽医学系及其所属教研室和动物药学共计13个教研室，拥有一个动物临床教学医院（含两个门诊部）。共有在岗教职工85人，在岗专业教师53名，专业教师中具有博士学位和即将获得博士学位教师分别是88.7％和7.5%。 教师中担任中国农学会农业教育专业委员会副主任委员1人，黑龙江省有突出贡献的中青年专家2人，全国兽医专业学位教育指导委员会委员1人，教育部动物医学类教学指导委员会委员1人，全国畜牧兽医学会二级学会理事长、副理事长、秘书长等18人。

近年来，主持承担国家自然科学重大、重点和面上项目、“973”项目、国家“863”项目、国家杰出青年基金项目、霍英东青年基金、国家教育部科技计划项目、国家农业部成果转化资金项目等56项；黑龙江省科技攻关项目、自然科学基金项目、杰出青年基金项目、国家及省博士后基金项目等70余项；各厅局科研项目69项，共计196项。 获教育部与黑龙江省科技进步奖35项。在国内外重要学术刊物上已公开发表科研论文2600余篇，其中国家一级核心刊物759篇，86篇被SCI收录，36篇被EI收录。主编“十五”、“十一五”国家统编教材25部，副主编17部，参编41部。出版专著33部。自编实验教材20余部。

近十年先后主持教育部面向21世纪、新教改工程、质量工程与全国农业高教研究会项目等国家教改项目7项，省级教学项目21项，黑龙江省精品课4门，国家精品课提名5项，主持2项，获国家级教学成果二等奖1项,省级教学获奖20余项，教学文章60余篇。

主编“十五”、“十一五”国家统编教材15部，副主编8部，参编21部，出版专著13部。 近十年，有22名中青年教师先后到德国、加拿大、美国、俄罗斯、日本等大学和研究所进行攻读学位、访问学习或进行博士后研究工作。有来自德国、加拿大、美国、韩国等国外学者进行讲学和学术交流。国际禽病协会理事，德国汉诺威兽医学院Neumann 教授、加拿大动物疾病研究所Dr. A Balachandran，Dr. Hongsheng Huang等先后被聘为本学科名誉教授。

严谨认真的办学态度，独特的办学理念，重视理论与实践相结合，注重教学研究带动专业进步和发展，在教学管理和教学质量上已形成自身特点和完善与完整的系统，奠定了东北农业大学兽医五年制本科教学在全国的特殊地位。先后培养了本科生3000余名，硕士生704名，博士生177名，博士后32人。硕士研究生招生规模每年已达100余人，与本科生相当。动物医学学院已经成为研究教学型学院。