2005年1月在水文学家刘昌明院士、水文地质学家林学钰院士的倡导下，北京师范大学水科学研究院正式成立。

目前，学院教职工55名。其中，中国科学院院士2人、中国工程院院士2人（双聘），教授19人，副教授19人。学院内设水文与水资源研究所、地下水科学与工程研究所、水生态研究所、水安全研究所，建有城市水循环与海绵城市技术北京市重点实验室、地下水污染控制与修复教育部工程研究中心、水沙科学教育部重点实验室、数字流域校级重点实验室等，并在福建泉州以及河北易县、栾县等地建有野外实习基地，为开展各类复杂性、综合性的科学实验与教学研究提供了重要支撑和保障。

建院以来水科院始终以人才培养为本，在校硕士博士研究生共计250余名，学院人才培养积极适应社会发展需求，注重培养学生的科研能力、实践能力、团队精神，毕业生遍布祖国大江南北，受到了广大用人单位的认可。

几年来，水科院师生先后完成了国家“973”、“863”、国家自然科学基金、国家社科基金重大项目、国家科技支撑计划、国家重大水专项、北京市科委重大项目、北京市自然科学基金等百余项科研项目。学院还与美国、加拿大、英国、日本、澳大利亚等多所大学建立了密切的合作交流关系。

在北京师范大学向“双一流”大学迈进的今天，水科院也迎来新的发展机遇，在全院共同努力和社会各界大力支持下，水科人将秉承“上善若水、求实创新”的院训精神，扎实开展教学科研、社会服务工作，立志为祖国的碧水蓝天、生态文明做出积极贡献！