南京理工大学环境与生物工程学院下设环境科学与工程、生物工程、核环境3个系，建有环境工程（江苏省重点专业、“卓工计划”建设专业）、生物工程（江苏省重点专业）、辐射防护与核安全（国防紧缺专业）3个本科专业、环境科学与工程一级学科博士点/博士后流动站(工信部重点学科,江苏省重点学科)、化学工程与技术（生物化工）一级学科博士点/博士后流动站、生物医学工程一级学科硕士点；拥有包括“化工污染控制教育部工程研究中心”、“江苏省化工污染控制与资源化高校重点实验室”，“江苏省实验教学与实践教育中心”在内的8个科研教学平台。

目前，学院共有教职工81人，其中专任教师63人，包括教授21人，博导20人，副教授19人，形成了结构优化、团结协作、创新进取的师资队伍。学院已形成多个在国内外具有较高学术影响的研究方向。建院以来，学院承担了包括水专项、973、863课题、国防预研、国家自然科学基金重点项目、面上项目等国家及省部级以上科研项目131项。先后获中国石油和化学联合会科技进步一等奖、江苏省科技进步二等奖、环保部环境保护科学技术二等奖等奖项；SCI论文300余篇，授权发明专利70余件；完成环境污染治理及生物化工领域的科研成果转化80余项。

南京理工大学环境与生物工程学院已成为我国环境、生物工程领域科学研究和高层次人才培养的重要基地。