水文水资源学院前身为1952年建立的华东水利学院水文系；1984年更名为水资源水文系；1995年，学校内部机构调整，水资源水文系和环境科学与工程学院合并，成立水文水资源及环境学院；2002年，调整为水资源环境学院；2007年更名为水文水资源学院。

1952年著名水文学家刘光文教授等创建新中国第一个水文系，1954年，创建我国第一个陆地水文本科专业，并于1955年开始招收研究生，是我国第一批培养研究生的学科点。1981年首批获得学士、硕士和博士学位授予权。1988年水文学及水资源学科被评为国家重点学科（该学科全国唯一），2002和2007年连续两次又被评为国家重点学科。1993年建成水资源开发利用国家专业实验室，2001年，获批设立水资源开发教育部重点实验室，2004年获批为水文水资源与水利工程科学国家重点实验室。2005年获批建设水资源高效利用与工程安全国家工程研究中心。1996、2002和2008年水文学及水资源学科分别列入“九五”、“十五”和“十一五”国家“211工程”重点学科建设项目。2008年水文学及水资源学科创新引智基地入选教育部、国家外国专家局“高校学校学科创新引智计划”(111计划)。2008年经教育部、财政部批准建设“全球水循环与国家水安全”优势学科创新平台（俗称“小985”）。2010/2017：列入江苏省高校优势学科创新平台。2017年，获批国家“双一流”建设学科。

学院现设有水文与水资源工程系、水务工程系、城市资源环境系和地理信息科学系；水文预报研究所、工程水文及水文气象研究所、水资源研究所、水文水利自动化研究所、城市水务工程研究所、水生态环境研究所、干旱研究所、地理信息科学与工程研究所、中德水资源研究所；全球变化与水循环研究中心、平原河流与湖泊水文研究中心；河海大学水问题研究所和国际河流研究所；等等。1997年，联合国教科文组织通过专门议案，在我校设立UNESCO国际水文水资源及环境培训与研究中心。

学院现有教职工155人，其中正高48名，副高70名；博士生导师名44，硕士生导师72名；教师队伍中国家人才计划8人，科技部中青年科技创新领军人才1人，中科院百人计划1人，教育部新世纪优秀人才计划3人，省级教学名师4人，教育部“长江学者”创新团队1支，江苏省“双创计划”团队1支，江苏省人才计划37人，双聘院士5名，特聘院士1名。学院拥有水利学科博士后流动站；3个博士学位授权点：水文学及水资源、城市水务、生态水利学；6个硕士学位授权点：水文学及水资源、城市水务、生态水利学、地图学与地理信息系统、自然地理学、人文地理学，并招收水利工程硕士学位研究生；设有水文与水资源工程、水务工程、自然地理与资源环境、地理信息系统4个本科专业。学院建设的《工程水文学》《水文统计》《水资源与现代水利》《水利类专业导论》《走近地下水》等获得国家精品开放课程称号，《水信息采集与处理》《地下水水文学》被评为国家双语教学示范课程，拥有国家级水利工程实验教学示范中心等国家本科教学实践平台。毕业生遍布全国各地，在业内发挥重要作用，深受社会欢迎。

2010以来主持或承担了包括国家重点研发计划、国家科技重大专项、国家自然科学基金重大与重点项目和直接服务于国民经济建设的科研项目1682项，7.57亿元，发表论文3300余篇，其中SCI论文788篇，出版著作42部，授权发明专利115件，获国家科技奖4项，部省级奖59项。

多年来，学院一直秉承“继承与发展”的方针，注重学术积累，已逐步形成覆盖水文、水资源、水环境及3S技术应用领域比较稳定的研究方向，有一支理论基础深厚、实践经验丰富老、中、青相结合的学术带头人和学术骨干队伍，并与国内外水文水资源领域著名的学术机构建立了良好的合作关系。学院紧密跟踪与引导学科发展趋势，积极参与解决国民经济建设中的重大水文水资源及环境问题，总体上居国际先进水平。