水利水电学院源自1952年建立的水力发电系、水工结构系和水利土壤改良系，1954年，水力发电系和水工结构系合并为河川系，1958年，水利土壤改良系改名农田水利工程系，1985年，河川系改名水力发电工程系。1995年，以水力发电工程系、农田水利工程系和水利水电科学研究所为基础组建了水利水电工程学院。2009年，更名为水利水电学院，2018年，农田水利工程系、农业水土工程研究所、农业环境研究所及相关学科从水利水电学院划出。

学院设有水利水电工程系、水工结构研究所、水力学及河流研究所、水利水电工程研究所和水利工程博士后流动站。学院现有水力学及河流动力学、水工结构工程、水利水电工程以及水利水电建设与管理四个二级学科，其中，水力学及河流动力学、水工结构工程和水利水电工程为国家重点学科；拥有4个二级博士学位授权点和1个专业硕士学位授权点，分别为水力学及河流动力学、水工结构工程、水利水电工程、水利水电建设与管理博士学位授权点及土木水利专业硕士学位授权点。以我院学科为主要支撑的水利工程学科是国家首批211工程重点建设学科、国家一级重点学科、国家优势学科创新平台建设学科，2008、2012和2016年全国学科评估均为第一。2010年和2014年连续入选江苏优势学科建设工程，2017年水利工程学科入选国家“双一流”建设学科。本科专业为水利水电工程。教育部水利水电工程安全工程研究中心、南京市土工合成材料工程技术研究中心均挂靠学院。本院还是“水文水资源与水利工程国家重点实验室、水资源高效利用与工程安全国家工程研究中心”和“水安全与水科学省部共建协同创新中心”的主要建设学院。

学院现有教职工108人，其中专任教师81人。专任教师中，教授35人，副教授39人。博士生导师42人、硕士生导师88人。专任教师博士学位比例达92.5%。同时，学院还聘请双聘院士3人，兼职博士生导师29人，兼职教授34人。学院有中国工程院院士1人，国家、省部级创新团队2支，海外高层次人才计划4人、“长江学者”特聘教授1人，“杰出青年基金获得者”2人，万人计划2人，“新世纪百千万人才工程”国家级人选3人，江苏省特聘教授5人，江苏省双创计划3人，“江苏省杰出青年基金获得者”3人，江苏省“333高层次人才培养工程”突出贡献奖2人，江苏省“333工程”培养对象第一层次1人、第二层次3人、第三层次4人，江苏省“青蓝工程”培养对象10人，江苏省六大人才高峰4人，霍英东教育基金会高等院校青年教师奖1人、青年教师基金3人。全国模范教师2人，江苏省名师1人，宝钢特等奖1人，优秀奖4人 ，江苏省十佳研究生导师团队1支。

学院有博士研究生330人，硕士研究生1036人，其中学术型硕士生415人，专业学位硕士生208人，非全日制专业学位硕士生413人，本科生678人，留学生80人。

学院发挥水利学科优势，先后承担了国家重点研发计划项目，国家自然科学基金重点项目等重大国家级研究课题，参与研究并解决了三峡、南水北调、溪洛渡、水布垭、锦屏、小湾等国家重大水利工程的关键技术难题。近年来，学院积极参与“一带一路”水利工程建设，在赞比亚下凯富峡、马来西亚巴贡、刚果英布鲁和巴基斯坦真纳等水利工程的科研工作中做出了贡献。学院积极服务于水利生产建设，每年承担100多项各类水利工程生产项目的研究及咨询。近五年来，学院科研经费达3.1亿元，发表SCI论文400多篇，出版专著10部；获国家科技进步奖4项，省部级科技进步奖46项，授权发明专利500多项。