南京农业大学金融学院的发展历史可上溯至20世纪初期。1921年秋，金陵大学设立我国第一个农业经济学系，卜凯教授开始从事农业保险方面的调查研究。1929年秋，中央大学农学院设立农政科，开设农村金融等课程。1952年，金陵大学农学院、南京大学农学院和浙江大学农学院部分系科合并成立南京农学院，下设农业经济系等。1984年，南京农学院更名为南京农业大学，农业经济系增设农村金融专业，同年开始招收农村金融和会计审计方向硕士研究生，1985年开始招收金融专业本科生，1998年取得金融学硕士学位授予权，2002年开始招收农村金融专业博士生，2004年取得会计学硕士学位授予权，2010年获金融学博士学位授权点。2012年10月，成立南京农业大学金融学院。

金融学院现有金融学、会计学和投资学三个本科专业。其中2006年金融学专业列为江苏省品牌专业，2010年会计学专业列为江苏省特色专业，2012年金融学专业和会计学专业又成为江苏省重点建设专业。

金融学院目前拥有金融学博士、金融学硕士、会计学硕士、金融硕士（MF）、会计硕士（MPAcc）等多层次的研究生培养体系，为中国农业银行总行、中国人民银行南京分行等举办金融学硕士班，为政府有关部门、银行、保险公司、证券公司、会计审计事务所等培养了众多高层次的金融、会计和审计方面的专业人才。

金融学院现有专职教师及研究人员40多名，其中教授12人，副教授12人，博导9人，硕导26人，具有博士学位教师占90.3%，拥有海外学习经历教师占32.2%，江苏省“青蓝工程”中青年学术带头人1人，江苏省“333工程”培养对象1人，江苏省“青蓝工程”优秀青年骨干教师1人，南京农业大学“钟山学术新秀”3人。学院目前共有重点共建基地14家，包括中国农业银行江苏省分行、江苏银行、紫金信托公司、紫金农商银行、苏宁集团、毕马威会计师事务所等。

金融学院教师依托江苏省高校哲学社会重点研究基地——江苏省农村金融发展研究中心、南京农业大学中国金融和区域经济研究中心、南京农业大学财政金融研究所等研究平台开展研究工作。近几年来，学院教师主持国家社科基金重大项目、国家社科基金重点项目、国家自然科学基金、国家社科基金一般项目、教育部、农业部、世界银行等各种省部级以上课题90多项，在《管理世界》、《金融研究》、《会计研究》及国外高水平专业期刊上发表研究论文300余篇，获得省部级等各种奖励30多项。