2016年7月，学校对原医学院进行重组，基础医学院成立。2020年11月，学院更名为基础医学与公共卫生学院。学院下设党政办公室、基础医学学科建设管理中心、教学改革与教师发展中心和公共卫生与预防医学系。设有人体解剖学系、组织学与胚胎学系、生理学系、医学生物化学与分子生物学系、微生物学与免疫学系、病原生物学系、病理学系、病理生理学系、药理学系、系统生物医学系10个学术系以及流行病学、卫生毒理学、环境卫生学、医学统计学、医学信息学、医学心理学与行为科学、营养与食品卫生学7个教研室；暨南大学分子医学病毒研究所、暨南大学康泰生物疫苗产业研究院/疾病预防控制研究院，血液学研究所、眼科学研究所（国际眼表疾病协同研究中心）、肿瘤精准医学和病理研究所、老年免疫学研究所、医保大数据研究所，国家中医药管理局病理生理重点实验室、胚胎发育与围产医学国际合作联合实验室，田家炳医学实验研究中心、广东省小核酸药物开发工程技术研究中心等11个研究机构。

学院现有临床医学和预防医学本科专业各1个，临床医学专业为国家一流本科专业建设点，入选教育部、卫生部共同组织实施的“卓越医生教育培养计划”；拥有基础医学、公共卫生与预防医学2个一级硕士学位授权点和公共卫生专业硕士（MPH）学位授权点，基础医学一级博士学位授权点和基础医学博士后流动站。病理学和血液病学为国务院侨办重点学科，病理学与病理生理学、免疫学为广东省重点学科。学院有广东省基础医学教学示范中心1个，形态学实验教学中心、机能实验教学中心2个教学实验平台，以及多门国家级双语示范课程、省级精品课程、一流课程；学院是国家卫生计生委、教育部共建的重点医学院校之一。

学院现有在编在岗教职工171人，合同制员工24人，其中正高职称43人，副高职称63人，博导36人，硕导75人。国家级人才3人，“千百十”人才工程省级培养对象、珠江学者、国家外专等人才16人次。

目前全院在研各类科研基金164项，在研课题经费6467万元。自2016年至今获批国家自然科学基金、广东省自然科学基金、广州市科技计划项目、其他省级项目以及横向课题在内的各类科研项目257项，总经费1.1313亿元；学院教师申请专利69项。学院教师发表论文1000余篇，具有代表性的高水平论文8篇。2018年获批广东省“珠江人才计划”引进创新创业团队项目1项，经费2000万元。2018至2021年获批国家重点研发计划项目8项、国家自然科学基金重大项目1项和国家自然科学基金联合基金项目2项，总经费3126.1万元。学院与美国、英国、澳大利亚、德国、瑞典、波兰等多个国家和地区的高等院校或科研院所开展科研合作和学术交流，2016年至今有包括长江学者、国家优秀青年，国家杰出青年在内的国内外200余位学者来我院开展学术报告。

学院现有在校生1389人。其中，博士59人（含外招生3人），硕士375人（含外招生10人），本科生955人（含外招生341人）。在国家“双一流”大学建设和广东省高水平大学建设的机遇下，我院仅仅围绕立德树人的根本任务，坚持以国家卫生事业发展和社会需求为导向，面向医疗卫生大健康行业，坚持提升医学生职业胜任力的教育方向，聚焦卓越医学人才培养目标，构建德智体美劳全面发展的高水平人才培养体系与“三全育人”的医学思政教育体系。近年来多名学生在全国大学生创新创业年会、全国高等医学院校大学生临床技能大赛、“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛、中国国际“互联网+”大学生创新创业大赛、全国大学生基础医学创新研究暨实验设计论坛全国总决赛等获得奖励。

（上述文字中的数字统计截至2022年3月14日）